В начале 20-го века в России установилась безбожная власть. В связи с этим, 3 февраля 1919 году мощи воронежского епископа Митрофана были вскрыты особой комиссией безбожников. Особую остроту вопрос о мощах принял в августе 1929 году, когда в Воронеж на поклонение мощам пришло очень много паломников. В связи с этим президиум горсовета Воронежа издал постановление о закрытии церкви Митрофановского монастыря и изъятии мощей. Во второй половине ХХ века высокопоставленные священнослужители неоднократно обращались к властям с просьбой о возвращении Церкви мощей святителя Митрофана Воронежского и возобновлении монастырей в епархии.
4 сентября 1946 году архиепископ Воронежский и Острогожский Иосиф (Орехов) возбудил ходатайство перед гражданскими властями о возвращении верующим находящихся в музее мощей святителя, но от властей последовал отказ.
И только в сентябре 1989 году мощи святителя и чудотворца Воронежского Митрофана были возвращены Русской Православной Церкви. Так состоялось второе обретение мощей св. Митрофана. С тех пор мощи святителя Митрофана пребывают в Покровском кафедральном соборе Воронежа.
Тропарь, глас 4
Пра́вило ве́ры и о́браз кро́тости /сло́вом и житие́м па́стве твое́й, о́тче смиренному́дре Митрофа́не, был еси́. /Те́мже и во све́тлостех святы́х /со́лнца светле́йше возсия́л еси́, /венце́м нетле́ния и сла́вы украша́емь, /моли́ Христа́ Бо́га //стране́ на́шей и гра́ду твоему́ в ми́ре спасти́ся.
Кондак, глас 8
Воздержа́нием те́ло ду́ху порабо́тив, /ду́шу же равноа́нгельну сотвори́в, /святи́тельскою оде́ялся еси́ оде́ждею, я́ко вене́ц свяще́нства, /и ны́не, всех Влады́це предстоя́, //моли́, всеблаже́нне Митрофа́не, умири́ти и спасти́ ду́ши на́ша.
Величание
Велича́ем тя, /святи́телю о́тче Митрофа́не, /и чтим святу́ю па́мять твою́, /ты бо мо́лиши о нас //Христа́ Бо́га на́шего.
Молитва святителю Митрофану Воронежскому
О святи́телю о́тче Митрофа́не, се мы гре́шнии, нетле́нием честны́х моще́й твои́х и мно́гими благодея́ньми, чуде́сно соде́янными и содева́емыми тобо́ю, уве́рившеся, испове́дуем, я́ко и́маши ве́лию благода́ть у Го́спода Бо́га на́шего, и всесмире́нно ко твоему́ благосе́рдию припа́дающе, тебе́ мо́лимся си́це: моли́ о нас Христа́ Бо́га на́шего, да низпосле́т всем чту́щим святу́ю па́мять твою́ и усе́рдно к тебе́ прибега́ющим бога́тыя ми́лости Своя́; да утверди́т во святе́й Свое́й Правосла́вной Це́ркви живы́й дух пра́выя ве́ры и благоче́стия, дух ве́дения и любве́, дух ми́ра и ра́дости о Ду́се Свя́те, да вся ча́да ея́, чи́ста су́ща от мирски́х искуше́ний и плотски́х по́хотей и зла́го де́йствия злых духо́в, ду́хом и и́стиною покланя́ются Ему́, и усе́рдно о соблюде́нии за́поведей Его́ ко спасе́нию душ свои́х да потща́тся. Па́стырем ея́ да даст Госпо́дь святу́ю ре́вность попече́ния о спасе́нии люде́й, во е́же неве́рующия просвети́ти, неве́дущия наста́вити, сомня́щияся вразуми́ти, отпа́дшия от Правосла́вныя Це́ркве к ней возврати́ти, ве́рующия в ве́ре соблюсти́, гре́шныя на покая́ние подви́гнути, ка́ющияся уте́шити и во исправле́нии жи́зни утверди́ти, и та́ко вся лю́ди ко угото́ванному ве́чному Ца́рству святы́х Его́ привести́. Умоли́ Го́спода, уго́дниче Христо́в: ве́рных рабо́в Его́, в ско́рби и печа́ли день и нощь вопию́щих к Нему́, многоболе́зенный вопль да услы́шит и да изведе́т от поги́бели живо́т наш. Всем же в держа́ве лю́дем да да́рует благи́й Бог наш мир, тишину́, безмяте́жие и изоби́лие плодо́в земны́х, па́че же ко исполне́нию за́поведей Его́ тща́ние неле́ностное; и да изба́вит ца́рствующия гра́ды, град сей и вся ины́я гра́ды и ве́си, от гла́да, тру́са, пото́па, огня́, меча́, наше́ствия иноплеме́нных, междоусо́бныя бра́ни, смертоно́сныя я́звы и от вся́каго зла. Ей, святи́телю Бо́жий, да устро́иши моли́твами твои́ми вся блага́я душа́м и телесе́м на́шим; да и мы просла́вим в душа́х и телесе́х на́ших Го́спода и Бо́га на́шего, Иису́са Христа́, Ему́же со Отце́м и Святы́м Ду́хом сла́ва и держа́ва во ве́ки веко́в. Ами́нь.
В этот день святая Церковь также празднует память:
Прор. Боговидца Моисея (XVI в. до Р. Х.). Сщмч. Вавилы, еп. Великой Антиохии, и с ним трех отроков: Урвана, Прилидиана, Епполония и матери их Христодулы (251) Иконы Божией Матери «Неопалимая Купина» (1680). Свт. Иоасафа, еп. Белгородского (обрет. мощей, 1911). Новомучеников Коломенскаго духовнаго училища. Мц. Ермионии, дщери ап. Филиппа диак. (ок. 117) Мч. Вавилы Никомидийского и с ним 84 отроков (IV). Мчч. Феодора, Миана, Иулиана и Киона (305 – 311). Прмч. Парфения, игум. Кизилташского (1866). Сщмч. Петра, митр. Дабро-Боснийского (1941; серб.). Собор Воронежских святых. Сщмч. Григория (Лебедева), еп. Шлиссельбургского (1937). Сщмч. Сергия, еп. Нарвского (1937). Сщмч. Павла Васильевского пресв. (1937) Сщмч. Иоанна Василевского пресв. (1937) Сщмч. Николая Лебедева пресв. (1937) Сщмч. Николая Сретенского пресв. (1937) Сщмч. Иоанна Ромашкина пресв. (1937) Сщмч. Николая Хвощева пресв. (1937) Сщмч. Петра Лебединского пресв. (1937) Сщмч. Михаила Богородского пресв. (1937) Сщмч. Илии Измайлова пресв. (1937) Прмч. Стефана (Кускова) иером. (1937) Мч. Василия Ежова (1937). Мч. Петра Лонскова (1937). Мч. Стефана Митюшкина (1937). Мч. Александра Блохина (1937). Мц. Елены Черновой (1943).